Na Administração Central reúnem-se os departamentos: Educacional, Administrativo-Financeiro e Sócio-Patrimonial. Integrados, os mesmos trabalham para atender todas as mantidas.

Com a implantação do novo modelo de gestão embasado nos referenciais de unificação, integração, participação e centralização, a Administração Central tem como principal objetivo promover o desenvolvimento integral do Sistema Educacional Franciscano.